水污染防治领域：流域综合整治技术研究与示范，支撑水质改善；“从源头到龙头”全过程技术研发与示范，提升饮用水安全保障能力；近岸海域污染防治与生态保护研究；地下水污染防治研究与示范。

大气污染防治领域：区域大气复合污染与灰霾综合控制研究；城市空气质量改善综合技术研究与示范；区域大气污染物总量削减技术开发和示范；环境空气质量管理关键技术研究；室内空气质量改善技术研究。

生态保护领域：区域/流域生态保护研究；城市生态保护研究；农村生态保护研究；资源开发区和重大工程区生态保护研究。

固体废物污染防治与化学品管理领域：固体废物源头减量和再生利用技术研究；固体废物无害化、稳定化处理技术研究；危险废物污染控制与管理技术研究；化学品及化学物质环境管理支撑技术研究。

土壤污染防治领域：农村土壤环境管理与土壤污染风险管控技术研究；典型工业污染场地土壤污染风险评估和修复研究；矿区和油田区土壤污染控制与生态修复技术研究；土壤环境保护法律法规和标准制定支撑技术研究。

绿色经济、清洁生产和循环经济领域：低碳经济环境评估和绿色经济发展对策研究；工业污染预防和过程控制技术研究；重点行业清洁生产和废物循环利用技术研究。

环境与健康领域：环境健康调查技术和相关政策研究；环境污染的人体暴露和健康风险评估技术研究；环境与健康综合监测与预警技术研究。

环境监管技术领域：环境监测技术研究；环境风险评估与预警技术研究；环境政策与法规研究。

环境基准与标准领域：环境基准理论与技术方法研究；环境保护标准制订技术和方法研究。

核与辐射安全领域：核安全设备质量保障、核材料安全与放射性物品运输安全技术研究；核应急与反恐技术研究；辐射照射控制技术与辐射源安全管理研究；放射性废物安全和核设施退役安全研究；电磁辐射环境容量及污染防治技术研究；核与辐射安全管理技术和法规标准研究。

全球环境问题研究领域：应对全球气候变化的环境保护支撑技术研究；生物多样性保护技术研究；生物安全管理技术研究；保护臭氧层研究；全球持久性有机污染物控制研究；全球汞污染控制技术研究；污染物跨国境输送机制研究。

战略性新兴环保产业培育：依托重大专项建立产业化平台；关键技术、装备和产品研发；环境服务业支撑技术研究。